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Una nueva investigación desarrollada por investigadores de la Universidad de Copenhagen, y la Universidad de Leicester, muestra que no todas las bacterias conviven igual con los fagos: sus estrategias ecológicas determinan qué virus aparecen —y cuándo—, ofreciendo una señal temprana de estrés y enfermedad con un potencial transformador para la acuicultura moderna. TAGS: Salmonicultura. Acuicultura. Salud animal. Microbiota. Viroma. Biotecnología. Ciencia marina

En el interior del salmón del Atlántico ocurre una batalla silenciosa que rara vez vemos, pero que puede decir mucho sobre su estado de salud. No se trata solo de bacterias buenas o malas, sino también de los virus que las infectan: los bacteriófagos.

Este hallazgo no solo aporta una nueva pieza al rompecabezas de la ecología microbiana, sino que abre la puerta a utilizar a los fagos como biomarcadores tempranos de disbiosis y enfermedad en acuicultura.

Un modelo natural para entender lo invisible

El salmón del Atlántico (Salmo salar) ofrece una ventaja poco común para los científicos: su microbiota intestinal es naturalmente simple, especialmente en comparación con la de mamíferos. En este sistema de baja complejidad, dos bacterias dominan el escenario: 

• Mycoplasma sp., un simbionte íntimamente asociado al salmón, presente de forma estable en peces sanos y coevolucionado con su hospedador.
• Aliivibrio sp., una bacteria oportunista que prolifera cuando el pez está estresado o enfermo.

Durante un brote espontáneo de tenacibaculosis en salmones juveniles criados en condiciones controladas en Noruega, los investigadores encontraron la oportunidad perfecta: peces genéticamente similares, mantenidos en los mismos tanques, pero con estados de salud contrastantes. Algunos permanecían sanos; otros mostraban signos evidentes de enfermedad.

La pregunta era clara: ¿cómo cambia la comunidad de fagos cuando cambia la bacteria dominante del intestino?

Dos bacterias, dos mundos virales

La respuesta fue sorprendentemente nítida. En los salmones sanos, cuyo intestino estaba dominado por Mycoplasma, los investigadores encontraron pocos o ningún fago detectable. En contraste, los peces enfermos, donde Aliivibrio había desplazado al simbionte residente, albergaban comunidades virales diversas, con hasta 22 unidades taxonómicas operativas de fagos (vOTUs).

Este patrón no dependía de la cantidad total de bacterias presentes, sino de quiénes eran esas bacterias y de su estilo de vida. Allí donde Aliivibrio se expandía, los fagos la seguían.

El rol clave del nicho metabólico

¿Por qué una bacteria atrae tantos fagos y la otra parece casi invisible para ellos? La clave está en su nicho metabólico.

El análisis genómico reveló dos estrategias opuestas:

• Mycoplasma posee un genoma reducido y una capacidad metabólica mínima. Depende fuertemente del hospedador y vive en un nicho protegido, posiblemente incluso intracelular. Este estilo de vida limita su exposición a fagos y reduce su capacidad de sostener infecciones virales.
• Aliivibrio, en cambio, cuenta con un genoma grande y metabólicamente versátil. Puede sintetizar nucleótidos, aminoácidos y otros compuestos esenciales para la replicación viral, lo que lo convierte en un blanco ideal para múltiples fagos.

En términos ecológicos, la independencia metabólica que hace de Aliivibrio un colonizador exitoso también implica una mayor presión viral. Es el costo oculto de ser flexible y oportunista.

Fagos como sensores tempranos de enfermedad

Uno de los resultados más prometedores del estudio es que la diversidad viral reflejó el estado de salud del pez incluso antes de que el cambio bacteriano fuera evidente. En muestras donde Mycoplasma aún parecía dominante, la aparición de fagos asociados a Aliivibrio delataba una colonización incipiente.

Esto sugiere que los fagos podrían funcionar como sensores ultrasensibles de desequilibrios microbianos, anticipando procesos de disbiosis antes de que se manifiesten plenamente.

Implicancias para la acuicultura y la ecología microbiana

Más allá del salmón, el estudio ofrece una lección de alcance general:
la diversidad de fagos no depende solo del número de bacterias, sino de sus estrategias ecológicas, su metabolismo y su relación con el hospedador.

En este escenario, comprender estas interacciones permite interpretar mejor los cambios microbianos asociados al estrés y la enfermedad, además de explorar el uso de fagos como biomarcadores de salud y avanzar hacia estrategias de manejo microbiológico más precisas y preventivas en acuicultura.

En definitiva, este trabajo demuestra que, incluso en un ecosistema aparentemente simple, la ecología microbiana es profundamente sofisticada. Y que, a veces, los actores más pequeños —los virus— son quienes mejor cuentan la historia de la salud de un organismo.

Lea el estudio completo aquí: Ecological strategies of bacteria shape inherent phage diversity in Atlantic salmon gut microbiomes

Fuente: Infosalmon